Główną przyczyną eutrofizacji zbiorników jest nadwyżka azotu i fosforu, która powoduje wzrost żyzności wody. Pierwiastki te w dużej mierze pochodzą ze źródeł rolniczych gdyż bardzo duże ich ilości znajdują się w nawozach oraz odchodach zwierząt. Eutrofizacja jest niezwykle trudna do zwalczenia, ponieważ proces ten działa na zasadach sprzężenia zwrotnego dodatniego. W przypadku eutrofizacji polega to na tym, że w wyniku wzrostu zawartości w wodzie związków azotu i fosforu, masowo mnożą się glony, tworząc ogromne biomasy. Po obumarciu komórek glonów biomasa ich ulega rozkładowi co powoduje uwolnienie do wody jeszcze większych ilości fosforu i azotu a dodatkowo pogorszenie warunków tlenowych w zbiorniku. Mniejsza ilość tlenu rozpuszczonego w wodzie wzmaga uwalnianie biogenów z osadów dennych i zmniejsza różnorodność biologiczną zbiornika.
Eutrofizacja powoduje :
- Masowy rozwój glonów i innych organizmów fitoplanktonowych, powodujących w powierzchniowej warstwie wody tzw. zakwity i zmniejszających jej przezroczystość. W zbiorniku wzrasta przede wszystkim ilość sinic, które utrzymując się na powierzchni, często tworzą kożuchy. Masowe nagromadzenia tych bakterii powodują nie tylko śmiertelność ich samych, ale również występującej tam fauny.
- Ustępowanie roślinności zanurzonej z powodu pogarszających się warunków świetlnych w strefie przybrzeżnej. Postępujące zanikanie światła pośrednio prowadzi także do przebudowy występującej tam fauny. Kożuchy glonów w tej strefie zupełnie uniemożliwiają rekreacyjne użytkowanie wody.
- Wyczerpanie zasobów tlenu w warstwie przydennej i w osadach dennych prowadzi do zaniku fauny głębinowej, w tym także gatunków reliktowych. Również tarło niektórych ryb nie dochodzi do skutku, co prowadzi do ustępowania cennych gatunków, np. łososia. Często zdarza się, że ryby giną zimą pod pokrywą lodową w wyniku braku tlenu.
- Występowanie siarkowodoru, który podczas całkowitego braku tlenu może przechodzić do warstw powierzchniowych wody, ulatniać się i zatruwać atmosferę w okolicy.
Najskuteczniejszą metodą zmniejszania trofii zbiorników jest ograniczanie dopływu pierwiastków biofilnych ze źródeł antropogenicznych.
