Podstawy prawne ochrony gatunkowej zapisane są w ustawie o ochronie przyrody, a szczegółowe jej zasady oraz wykazy gatunków chronionych określa minister właściwy do spraw środowiska w drodze rozporządzenia publikowanego w Dzienniku Ustaw. W stosunku do gatunków objętych ochroną gatunkową obowiązują określone zakazy (zabijania, zbierania, przetrzymywania, niszczenia ich siedlisk, handlowania, wywożenia za granicę, płoszenia itp.). Na odstępstwa od zakazów zezwolenie wydaje Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska lub regionalny dyrektor ochrony środowiska. Dla wybranych gatunków ustanawia się strefy ochrony wokół siedlisk.
W Polsce pod ochroną gatunkową znajduje się około 400 gatunków zwierząt, 213 gatunków roślin oraz 265 gatunków grzybów i porostów (stan na koniec 2002 roku).
W ramach ochrony gatunkowej powstała Czerwona lista zwierząt ginących i zagrożonych w Polsce. Jest to lista gatunków zagrożonych wyginięciem na terenie Polski. Ogranicza się do ewidencji gatunków o różnym stopniu zagrożenia (bez opisu i charakterystyki poszczególnych gatunków), z podaniem kategorii zagrożenia oraz ogólnego opisu sytuacji danej grupy gatunków (np. gromady czy rzędu). W polskiej edycji najwięcej uwagi poświęcono bezkręgowcom, a zwłaszcza stawonogom.
Bardziej szczegółowym dokumentem jest Polska czerwona księga zwierząt. Jest to rejestr zagrożonych gatunków zwierząt na terenie Polski. Została stworzona na wzór międzynarodowej Czerwonej księgi gatunków zagrożonych. Zawiera listę ginących gatunków zwierząt z dokładnym ich opisem i mapami rozmieszczenia. Określa także stopień zagrożenia poszczególnych gatunków, rzadkość ich występowania oraz stosowane i proponowane sposoby ochrony. Zawiera mniej gatunków niż Czerwona lista zwierząt ginących i zagrożonych w Polsce, obejmuje organizmy bardziej zagrożone.
Zagrożone gatunki roślin opisane są w Polskiej czerwonej księdze roślin. Jest to spis roślin zagrożonych na terenie Polski wyginięciem, a także tych, które już wyginęły. Obejmuje paprotniki i rośliny nasienne występujące w XIX, XX i XXI wieku na terenie Polski, w jej obecnych granicach. Kolejne wydania księgi obejmują coraz bardziej obszerny wykaz gatunków, zbliżając jej zawartość do Czerwonej listy roślin i grzybów Polski, stanowiącej pełny rejestr gatunków zagrożonych wraz z ich klasyfikacją do odpowiednich kategorii zagrożenia.
